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功能医学的干预措施被称为“5R方案”或“5R原则”。包括五个基本的步骤：
1.去除（remove）
排除对肠道黏膜有刺激性的因素，包括病原微生物、过敏/不耐受的食物、环境衍生的有毒物质、药物、压力等。
1)轻度不耐受的食物：建议每隔4天摄食1次，3个月后正常摄食；
2)中度不耐受的食物：建议停止3个月，之后每4天摄食1次，持续3个月后正常摄食；
3)重度不耐受的食物：建议停止6个月，之后每4天摄食1次，持续3个月后正常摄食。
2.补充（replace）
消化不充分的食物大分子容易通过受损的肠道黏膜进入血液循环，刺激身体的免疫，因此需要加强消化功能，减少过敏与食物不耐受的发生。
1)胃酸替代：盐酸甜菜碱。350~3500mg与含有蛋白质的食物同食；
2)消化酶替代：植物来源的淀粉酶、蛋白酶、脂酶、乳糖酶等；
3)低敏蛋白替代：以大米水解蛋白、豌豆水解蛋白、乳清水解蛋白、大豆水解蛋白等低敏蛋白替代慢性食物过敏的食物蛋白来源；
4)给予纤维类以支持胃肠道运输。
3.再接种（reinoculate）
肠道内的菌群平衡是肠道通透性修护的关键。科学家已经证实益生菌能够在腹泻、过敏、湿疹和减少肠漏和炎症等方面发挥积极作用。提升肠道免疫防御功能。
1)补充益生菌；
2)补充益生元：低聚果糖、菊粉、抗性淀粉、果胶、果寡糖等。
4.修复（repair）
提供各种营养补充以支持胃肠黏膜的修护。肠道黏膜受损是导致食物不耐受增加的主要原因。
1)氨基酸：空腹时补充谷氨酰胺及精胺酸可以预防及修护肠道黏膜；
2)短链脂肪酸：补充益生菌提高肠道短链脂肪酸的合成能力；
3)维生素与微量元素：B族维生素、维生素C、维生素E、锌和硒；
4)补充可促进肠道黏液分泌及合成的营养素，如乙酰葡萄糖胺、车前草、多聚糖；
5)修护肠道上皮细胞之间紧密连接：磷脂酰胆碱。
5.重建平衡（re-balance）
在健康恢复过程中提供支持，改变心态、健康饮食的生活方式。
1)脂肪酸：平衡摄入Ω-3与Ω-6脂肪酸，可降炎症反应，存在于鱼油、亚麻油、核桃油、麻油等植物油中；
2)植物抗Y：乳香、姜黄、大蒜素、白藜芦醇、檞皮素、植物多酚等；
3)植物多糖：菌菇及其他食物植物多糖调节免疫，减少超敏反应概率；
4)构建一个健康的生活方式，达到身心平衡，彻底恢复肠道健康。
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